IPP Software Navigation Tools IPP Links Communication Pan-STARRS Links

Ignore:
Timestamp:
Mar 4, 2010, 3:13:19 PM (16 years ago)
Author:
Paul Price
Message:

Add mode to create chipRuns from extant chipRuns: definecopy.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/ippTools/src/chiptool.c

    r26981 r27192  
    3636
    3737static bool definebyqueryMode(pxConfig *config);
     38static bool definecopyMode(pxConfig *config);
    3839static bool updaterunMode(pxConfig *config);
    3940static bool pendingimfileMode(pxConfig *config);
    … …  
    7778    switch (config->mode) {
    7879        MODECASE(CHIPTOOL_MODE_DEFINEBYQUERY,           definebyqueryMode);
     80        MODECASE(CHIPTOOL_MODE_DEFINECOPY,              definecopyMode);
    7981        MODECASE(CHIPTOOL_MODE_UPDATERUN,               updaterunMode);
    8082        MODECASE(CHIPTOOL_MODE_PENDINGIMFILE,           pendingimfileMode);
    … …  
    120122}
    121123
    122 
    123 static bool definebyqueryMode(pxConfig *config)
    124 {
    125     PS_ASSERT_PTR_NON_NULL(config, NULL);
    126 
    127     PXOPT_LOOKUP_S64(exp_id, config->args, "-exp_id", false, false);
    128 
    129     psMetadata *where = psMetadataAlloc();
    130     pxchipGetSearchArgs (config, where); // rawExp only
    131     pxAddLabelSearchArgs (config, where, "-label", "newExp.label", "LIKE"); // define using newExp label
    132 
    133     // psListLength(where->list) is at least 1 because exp_type defaults to "object"
    134     // so we require a list longer than 1 entry
    135     if ((psListLength(where->list) <= 1) && !psMetadataLookupBool(NULL, config->args, "-all")) {
    136         psFree(where);
    137         psError(PXTOOLS_ERR_CONFIG, false, "search parameters are required");
    138         return false;
    139     }
    140 
    141     PXOPT_LOOKUP_STR(workdir, config->args, "-set_workdir", true, false);
    142     PXOPT_LOOKUP_STR(label, config->args, "-set_label", false, false);
    143     PXOPT_LOOKUP_STR(reduction, config->args, "-set_reduction", false, false);
    144     PXOPT_LOOKUP_STR(expgroup, config->args, "-set_expgroup", false, false);
    145     PXOPT_LOOKUP_STR(dvodb, config->args, "-set_dvodb", false, false);
    146     PXOPT_LOOKUP_STR(tess_id, config->args, "-set_tess_id", false, false);
    147     PXOPT_LOOKUP_STR(end_stage, config->args, "-set_end_stage", false, false);
    148     PXOPT_LOOKUP_STR(dist_group, config->args, "-set_dist_group", false, false);
    149     PXOPT_LOOKUP_STR(data_group, config->args, "-set_data_group", false, false);
    150     PXOPT_LOOKUP_STR(note, config->args, "-set_note", false, false);
    151 
    152     // default
    153     PXOPT_LOOKUP_BOOL(pretend, config->args, "-pretend", false);
    154     PXOPT_LOOKUP_BOOL(simple, config->args, "-simple", false);
    155 
    156     // find the exp_id of all the exposures that we want to queue up.
    157     psString query = pxDataGet("chiptool_find_rawexp.sql");
    158     if (!query) {
    159         psError(PXTOOLS_ERR_SYS, false, "failed to retreive SQL statement");
    160         psFree(where);
    161         return false;
    162     }
    163 
    164     psString whereClause = psDBGenerateWhereConditionSQL(where, NULL);
    165     psStringAppend(&query, " AND %s", whereClause);
    166 
    167     psFree(whereClause);
    168     psFree(where);
    169 
    170     if (!p_psDBRunQuery(config->dbh, query)) {
    171         psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "database error");
    172         psFree(query);
    173         return false;
    174     }
    175     psFree(query);
    176 
    177     psArray *output = p_psDBFetchResult(config->dbh);
    178     if (!output) {
    179         psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "database error");
    180         return false;
    181     }
    182     if (!psArrayLength(output)) {
    183         psTrace("chiptool", PS_LOG_INFO, "no rows found");
    184         psFree(output);
    185         return true;
    186     }
    187 
    188     if (pretend) {
    189         // negative simple so the default is true
    190         if (!ippdbPrintMetadatas(stdout, output, "rawExp", !simple)) {
    191             psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "failed to print array");
    192             psFree(output);
    193             return false;
    194         }
    195         psFree(output);
    196         return true;
    197     }
    198 
     124// Queue exposures for chip processing
     125static bool queue_exposures(pxConfig *config,  // Configuration
     126                            const psArray *exps, // Exposures information
     127                            const char *workdir, // Working directory, or NULL to inherit
     128                            const char *label,   // Label, or NULL to inherit
     129                            const char *data_group, // Data group, or NULL to inherit
     130                            const char *dist_group, // Distribution group, or NULL to inherit
     131                            const char *reduction, // Reduction class, or NULL to inherit
     132                            const char *expgroup,  // Exposure group
     133                            const char *dvodb,     // DVO database, or NULL to inherit
     134                            const char *tess_id,   // Tessellation identifier, or NULL to inherit
     135                            const char *end_stage,  // End stage, or NULL to inherit
     136                            const char *note        // Note
     137    )
     138{
    199139    // start a transaction so we don't end up with an exp without any associted
    200140    // imfiles
    201141    if (!psDBTransaction(config->dbh)) {
    202142        psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "database error");
    203         psFree(output);
    204143        return false;
    205144    }
    206145
    207146    // if end_stage is warp (or NULL), check for valid tess_id
    208     for (long i = 0; i < psArrayLength(output); i++) {
    209         psMetadata *md = output->data[i];
     147    for (long i = 0; i < psArrayLength(exps); i++) {
     148        psMetadata *md = exps->data[i];
    210149
    211150        bool status;
    … …  
    220159
    221160        if (!status) {
    222             psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "cannot queue analysis to WARP without a defined tess id: label: %s, exp_id %" PRId64, label, exp_id);
    223             psFree(output);
     161            psError(PS_ERR_UNKNOWN, false,
     162                    "cannot queue analysis to WARP without a defined tess id: label: %s, exp_id %" PRId64,
     163                    label, exp_id);
    224164            return false;
    225165        }
    … …  
    229169# define GET_VALUE(PTYPE,CTYPE,VALUE,NAME)                              \
    230170    PTYPE VALUE;                                                        \
    231     { bool status;                                                      \
     171    {                                                                   \
     172        bool status;                                                    \
    232173        VALUE = psMetadataLookup##CTYPE(&status, md, NAME);             \
    233174        if (!status) {                                                  \
    234175            psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "failed to lookup value for %s", NAME); \
    235             psFree(output);                                             \
    236176            return false;                                               \
    237         } }
     177        }                                                               \
     178    }
    238179
    239180    // loop over our list of exp_ids
    240     for (long i = 0; i < psArrayLength(output); i++) {
    241         psMetadata *md = output->data[i];
     181    for (long i = 0; i < psArrayLength(exps); i++) {
     182        psMetadata *md = exps->data[i];
    242183
    243184        rawExpRow *row = rawExpObjectFromMetadata(md);
    244185        if (!row) {
    245186            psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "failed to convert metadata into chipRun");
    246             psFree(output);
    247187            return false;
    248188        }
    … …  
    259199        if (!row->exp_id) {
    260200            psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "failed to find value for exp_id");
    261             psFree(output);
    262201            return false;
    263202        }
    … …  
    284223            psError(PS_ERR_UNKNOWN, false,
    285224                    "failed to trying to queue exp_id: %" PRId64, exp_id);
     225            return false;
     226        }
     227    }
     228
     229    if (!psDBCommit(config->dbh)) {
     230        psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "database error");
     231        return false;
     232    }
     233
     234    return true;
     235}
     236
     237static bool definebyqueryMode(pxConfig *config)
     238{
     239    PS_ASSERT_PTR_NON_NULL(config, NULL);
     240
     241    PXOPT_LOOKUP_S64(exp_id, config->args, "-exp_id", false, false);
     242
     243    psMetadata *where = psMetadataAlloc();
     244    pxchipGetSearchArgs (config, where); // rawExp only
     245    pxAddLabelSearchArgs (config, where, "-label", "newExp.label", "LIKE"); // define using newExp label
     246
     247    // psListLength(where->list) is at least 1 because exp_type defaults to "object"
     248    // so we require a list longer than 1 entry
     249    if ((psListLength(where->list) <= 1) && !psMetadataLookupBool(NULL, config->args, "-all")) {
     250        psFree(where);
     251        psError(PXTOOLS_ERR_CONFIG, false, "search parameters are required");
     252        return false;
     253    }
     254
     255    PXOPT_LOOKUP_STR(workdir, config->args, "-set_workdir", true, false);
     256    PXOPT_LOOKUP_STR(label, config->args, "-set_label", false, false);
     257    PXOPT_LOOKUP_STR(reduction, config->args, "-set_reduction", false, false);
     258    PXOPT_LOOKUP_STR(expgroup, config->args, "-set_expgroup", false, false);
     259    PXOPT_LOOKUP_STR(dvodb, config->args, "-set_dvodb", false, false);
     260    PXOPT_LOOKUP_STR(tess_id, config->args, "-set_tess_id", false, false);
     261    PXOPT_LOOKUP_STR(end_stage, config->args, "-set_end_stage", false, false);
     262    PXOPT_LOOKUP_STR(dist_group, config->args, "-set_dist_group", false, false);
     263    PXOPT_LOOKUP_STR(data_group, config->args, "-set_data_group", false, false);
     264    PXOPT_LOOKUP_STR(note, config->args, "-set_note", false, false);
     265
     266    // default
     267    PXOPT_LOOKUP_BOOL(pretend, config->args, "-pretend", false);
     268    PXOPT_LOOKUP_BOOL(simple, config->args, "-simple", false);
     269
     270    // find the exp_id of all the exposures that we want to queue up.
     271    psString query = pxDataGet("chiptool_find_rawexp.sql");
     272    if (!query) {
     273        psError(PXTOOLS_ERR_SYS, false, "failed to retreive SQL statement");
     274        psFree(where);
     275        return false;
     276    }
     277
     278    psString whereClause = psDBGenerateWhereConditionSQL(where, NULL);
     279    psStringAppend(&query, " AND %s", whereClause);
     280
     281    psFree(whereClause);
     282    psFree(where);
     283
     284    if (!p_psDBRunQuery(config->dbh, query)) {
     285        psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "database error");
     286        psFree(query);
     287        return false;
     288    }
     289    psFree(query);
     290
     291    psArray *output = p_psDBFetchResult(config->dbh);
     292    if (!output) {
     293        psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "database error");
     294        return false;
     295    }
     296    if (!psArrayLength(output)) {
     297        psTrace("chiptool", PS_LOG_INFO, "no rows found");
     298        psFree(output);
     299        return true;
     300    }
     301
     302    if (pretend) {
     303        // negative simple so the default is true
     304        if (!ippdbPrintMetadatas(stdout, output, "rawExp", !simple)) {
     305            psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "failed to print array");
    286306            psFree(output);
    287307            return false;
    288308        }
     309        psFree(output);
     310        return true;
     311    }
     312
     313    if (!queue_exposures(config, output, workdir, label, data_group, dist_group, reduction, expgroup,
     314                         dvodb, tess_id, end_stage, note)) {
     315        psError(psErrorCodeLast(), false, "Unable to queue exposures for chip.");
     316        psFree(output);
     317        return false;
    289318    }
    290319    psFree(output);
    291320
    292     if (!psDBCommit(config->dbh)) {
    293         psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "database error");
    294         return false;
    295     }
     321    return true;
     322}
     323
     324static bool definecopyMode(pxConfig *config)
     325{
     326    PS_ASSERT_PTR_NON_NULL(config, NULL);
     327
     328    PXOPT_LOOKUP_S64(exp_id, config->args, "-exp_id", false, false);
     329
     330    psMetadata *where = psMetadataAlloc();
     331    pxchipGetSearchArgs (config, where); // rawExp only
     332    pxAddLabelSearchArgs (config, where, "-label", "chipOld.label", "LIKE");
     333    pxAddLabelSearchArgs (config, where, "-set_label", "chipNew.label", "LIKE");
     334
     335    // psListLength(where->list) is at least 1 because exp_type defaults to "object"
     336    // so we require a list longer than 1 entry
     337    if ((psListLength(where->list) <= 1) && !psMetadataLookupBool(NULL, config->args, "-all")) {
     338        psFree(where);
     339        psError(PXTOOLS_ERR_CONFIG, false, "search parameters are required");
     340        return false;
     341    }
     342
     343    PXOPT_LOOKUP_STR(workdir, config->args, "-set_workdir", true, false);
     344    PXOPT_LOOKUP_STR(label, config->args, "-set_label", false, false);
     345    PXOPT_LOOKUP_STR(reduction, config->args, "-set_reduction", false, false);
     346    PXOPT_LOOKUP_STR(expgroup, config->args, "-set_expgroup", false, false);
     347    PXOPT_LOOKUP_STR(dvodb, config->args, "-set_dvodb", false, false);
     348    PXOPT_LOOKUP_STR(tess_id, config->args, "-set_tess_id", false, false);
     349    PXOPT_LOOKUP_STR(end_stage, config->args, "-set_end_stage", false, false);
     350    PXOPT_LOOKUP_STR(dist_group, config->args, "-set_dist_group", false, false);
     351    PXOPT_LOOKUP_STR(data_group, config->args, "-set_data_group", false, false);
     352    PXOPT_LOOKUP_STR(note, config->args, "-set_note", false, false);
     353
     354    // default
     355    PXOPT_LOOKUP_BOOL(pretend, config->args, "-pretend", false);
     356    PXOPT_LOOKUP_BOOL(simple, config->args, "-simple", false);
     357
     358    // find the exp_id of all the exposures that we want to queue up.
     359    psString query = pxDataGet("chiptool_definecopy.sql");
     360    if (!query) {
     361        psError(PXTOOLS_ERR_SYS, false, "failed to retreive SQL statement");
     362        psFree(where);
     363        return false;
     364    }
     365
     366    psString whereClause = psDBGenerateWhereConditionSQL(where, NULL);
     367    psStringAppend(&query, " AND %s", whereClause);
     368
     369    psFree(whereClause);
     370    psFree(where);
     371
     372    if (!p_psDBRunQuery(config->dbh, query)) {
     373        psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "database error");
     374        psFree(query);
     375        return false;
     376    }
     377    psFree(query);
     378
     379    psArray *output = p_psDBFetchResult(config->dbh);
     380    if (!output) {
     381        psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "database error");
     382        return false;
     383    }
     384    if (!psArrayLength(output)) {
     385        psTrace("chiptool", PS_LOG_INFO, "no rows found");
     386        psFree(output);
     387        return true;
     388    }
     389
     390    if (pretend) {
     391        // negative simple so the default is true
     392        if (!ippdbPrintMetadatas(stdout, output, "rawExp", !simple)) {
     393            psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "failed to print array");
     394            psFree(output);
     395            return false;
     396        }
     397        psFree(output);
     398        return true;
     399    }
     400
     401    if (!queue_exposures(config, output, workdir, label, data_group, dist_group, reduction, expgroup,
     402                         dvodb, tess_id, end_stage, note)) {
     403        psError(psErrorCodeLast(), false, "Unable to queue exposures for chip.");
     404        psFree(output);
     405        return false;
     406    }
     407    psFree(output);
    296408
    297409    return true;
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.