Index: trunk/ippScripts/scripts/phase2.pl
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--- trunk/ippScripts/scripts/phase2.pl	(revision 9364)
+++ trunk/ippScripts/scripts/phase2.pl	(revision 9378)
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 my $outputRoot =  $expTag . '.p2.';
 $outputRoot = File::Spec->rel2abs( File::Spec->catpath( $vol, $dir, $outputRoot ), $ipprc->workdir() );
+$input = File::Spec->rel2abs( $input, $ipprc->workdir() );
 my $outputImage = $outputRoot  . '.' . $classId . '.fits';
 my $outputStats = $outputRoot  . '.' . $classId . '.stats';