Index: trunk/ppImage/src/ppImageLoop.c
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--- trunk/ppImage/src/ppImageLoop.c	(revision 25875)
+++ trunk/ppImage/src/ppImageLoop.c	(revision 25930)
@@ -163,4 +163,11 @@
         }
 
+	// Apply the pattern noise correction
+	if (options->doPattern) {
+	  if (!ppImageDetrendPatternApply(config,chip,view,options)) {
+	    ESCAPE("Unable to apply pattern corrections");
+	  }
+	}
+	
         // measure various pixel-based statistics for this image
         if (!ppImagePixelStats(config, stats, options, view)) {