IPP Software Navigation Tools IPP Links Communication Pan-STARRS Links

Changeset 17231


Ignore:
Timestamp:
Mar 28, 2008, 5:21:54 PM (18 years ago)
Author:
Paul Price
Message:

Merging in pap_branch_080328 --- modernised ppMerge.

Location:
trunk
Files:
11 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/ippScripts/scripts/detrend_stack.pl

    r16563 r17231  
    1818use PS::IPP::Metadata::Stats;
    1919use PS::IPP::Metadata::List qw( parse_md_list );
     20use File::Temp qw( tempfile );
    2021
    2122use PS::IPP::Config qw($PS_EXIT_SUCCESS
    … …  
    3334use Pod::Usage qw( pod2usage );
    3435
    35 my ( $det_id, $iter, $class_id, $det_type, $camera, $outroot, $dbname, $reduction, $verbose, $no_update,
    36      $no_op );
     36my ( $det_id, $iter, $class_id, $det_type, $camera, $outroot, $dbname, $reduction, $verbose, $save_temps,
     37     $no_update, $no_op );
    3738GetOptions(
    3839    'det_id|d=s'        => \$det_id,
    … …  
    4546    'reduction=s'       => \$reduction, # Reduction class for processing
    4647    'verbose'           => \$verbose,   # Print to stdout
     48    'save-temps'        => \$save_temps, # Save temporary files?
    4749    'no-update'         => \$no_update,
    4850    'no-op'             => \$no_op,
    … …  
    7274   [   
    7375       #          KEYWORD                 STATISTIC          CHIPTOOL FLAG
    74        { name => "bg",             type => "mean",  flag => "-bg",             dtype => "float" },
    75        { name => "bg",             type => "stdev", flag => "-bg_mean_stdev",  dtype => "float" },
    76        { name => "bg_stdev",       type => "rms",   flag => "-bg_stdev",       dtype => "float" },
    77        # { name => "bg_mean_stdev",  type => "rms",   flag => "-bg_mean_stdev" },
     76       { name => "ROBUST_MEDIAN",  type => "mean",  flag => "-bg",             dtype => "float" },
     77       { name => "ROBUST_MEDIAN",  type => "stdev", flag => "-bg_mean_stdev",  dtype => "float" },
     78       { name => "ROBUST_STDEV",   type => "rms",   flag => "-bg_stdev",       dtype => "float" },
    7879   ];
    7980my $stats = PS::IPP::Metadata::Stats->new($STATS); # Stats parser
     81
     82# The output file rule name depends on the detrend type
     83my $FILERULES = { 'FLATMASK' => 'PPMERGE.OUTPUT.MASK',
     84                  'DARKMASK' => 'PPMERGE.OUTPUT.MASK',
     85                  'MASK'     => 'PPMERGE.OUTPUT.MASK',
     86                  'BIAS'     => 'PPMERGE.OUTPUT.BIAS',
     87                  'DARK'     => 'PPMERGE.OUTPUT.DARK',
     88                  'SHUTTER'  => 'PPMERGE.OUTPUT.SHUTTER',
     89                  'FLAT'     => 'PPMERGE.OUTPUT.FLAT',
     90                  'DOMEFLAT' => 'PPMERGE.OUTPUT.FLAT',
     91                  'SKYFLAT'  => 'PPMERGE.OUTPUT.FLAT',
     92                  'FRINGE'   => 'PPMERGE.OUTPUT.FRINGE',
     93              };
     94my $output_filerule = $FILERULES->{$det_type}; # File rule for output
     95&my_die("Unrecognised detrend type: $det_type", $det_id, $iter, $class_id, $PS_EXIT_SYS_ERROR) unless defined $output_filerule;
    8096
    8197# Look for programs we need
    … …  
    110126}
    111127
     128# Generate MDC file with the inputs
     129my ($listFile, $listName) = tempfile( $ipprc->file_resolve("$outroot.$class_id.list.XXXX"), UNLINK => !$save_temps );
     130my $num = 0;
     131foreach my $file (@$files) {
     132    if ($file->{ignored}) { next; }
     133
     134    print $listFile "INPUT$num\tMETADATA\n";
     135    $num++;
     136
     137    my $image = $file->{uri};   # Image name
     138    my $mask = $ipprc->filename( "PPIMAGE.OUTPUT.MASK", $file->{path_base} ); # Mask name
     139    my $weight = $ipprc->filename( "PPIMAGE.OUTPUT.WEIGHT", $file->{path_base} ); # Weight name
     140
     141    &my_die("Image $image does not exist", $det_id, $iter, $class_id, $PS_EXIT_SYS_ERROR) unless $ipprc->file_exists( $image );
     142    print $listFile "\tIMAGE\tSTR\t" . $image . "\n";
     143
     144    if ($ipprc->file_exists( $mask )) {
     145        print $listFile "\tMASK\tSTR\t" . $mask . "\n";
     146    }
     147    if ($ipprc->file_exists( $weight )) {
     148        print $listFile "\tWEIGHT\tSTR\t" . $weight . "\n";
     149    }
     150
     151    print $listFile "END\n\n";
     152}
     153close $listFile;
     154
     155
    112156# outroot examples (HOST components must be set)
    113157# file://data/ipp004.0/gpc1/20080130
    … …  
    118162$ipprc->outroot_prepare($outroot);
    119163
    120 my $outputStack = $ipprc->filename("PPMERGE.OUTPUT", $outroot, $class_id) or &my_die("Missing entry in file rules", $det_id, $iter, $class_id, $PS_EXIT_CONFIG_ERROR); # Output name
     164my $outputStack = $ipprc->filename($output_filerule, $outroot, $class_id) or &my_die("Missing entry in file rules", $det_id, $iter, $class_id, $PS_EXIT_CONFIG_ERROR); # Output name
     165my $outputCount = $ipprc->filename("PPMERGE.OUTPUT.COUNT", $outroot, $class_id) or &my_die("Missing entry in file rules", $det_id, $iter, $class_id, $PS_EXIT_CONFIG_ERROR); # Count image
     166my $outputSigma = $ipprc->filename("PPMERGE.OUTPUT.SIGMA", $outroot, $class_id) or &my_die("Missing entry in file rules", $det_id, $iter, $class_id, $PS_EXIT_CONFIG_ERROR); # Stdev image
    121167my $outputStats = $ipprc->filename("PPIMAGE.STATS",  $outroot, $class_id) or &my_die("Missing entry in file rules", $det_id, $iter, $class_id, $PS_EXIT_CONFIG_ERROR); # Statistics name
    122168my $traceDest   = $ipprc->filename("TRACE.IMFILE",   $outroot, $class_id) or &my_die("Missing entry in file rules", $det_id, $iter, $class_id, $PS_EXIT_CONFIG_ERROR); # Trace messages
    123169my $logDest     = $ipprc->filename("LOG.IMFILE",     $outroot, $class_id) or &my_die("Missing entry in file rules", $det_id, $iter, $class_id, $PS_EXIT_CONFIG_ERROR); # Log messages
    124170
    125 
    126 $command = "$ppMerge $outputStack"; # Command to run
    127 foreach my $file (@$files) {
    128     $command .= ' ' . $file->{uri};
    129 }
     171$command = "$ppMerge $listName $outroot"; # Command to run
    130172$command .= " -recipe PPMERGE $recipe";
    131173$command .= ' -type ' . uc($det_type); # Type of stacking to perform
    … …  
    136178# Stack the files
    137179unless ($no_op) {
    138    
    139     ( $success, $error_code, $full_buf, $stdout_buf, $stderr_buf ) =
     180    my ( $success, $error_code, $full_buf, $stdout_buf, $stderr_buf ) =
    140181        run(command => $command, verbose => $verbose);
    141182    unless ($success) {
    … …  
    144185    }
    145186    &my_die("Unable to find expected output file: $outputStack\n", $det_id, $iter, $class_id, $PS_EXIT_SYS_ERROR) unless -f $ipprc->file_resolve($outputStack);
     187    &my_die("Unable to find expected output file: $outputCount\n", $det_id, $iter, $class_id, $PS_EXIT_SYS_ERROR) unless -f $ipprc->file_resolve($outputCount);
     188    &my_die("Unable to find expected output file: $outputSigma\n", $det_id, $iter, $class_id, $PS_EXIT_SYS_ERROR) unless -f $ipprc->file_resolve($outputSigma);
    146189    &my_die("Unable to find expected output file: $outputStats\n", $det_id, $iter, $class_id, $PS_EXIT_SYS_ERROR) unless -f $ipprc->file_resolve($outputStats);
    147190

  • trunk/ippconfig/cfh12k/filerules-mef.mdc

    r17066 r17231  
    3939PPIMAGE.FRINGE     INPUT @DETDB        CHIP       FRINGE     
    4040PPIMAGE.SHUTTER    INPUT @DETDB        CHIP       IMAGE     
     41
     42## Files used by ppMerge
     43PPMERGE.INPUT      INPUT @FILES        CHIP       IMAGE
     44PPMERGE.INPUT.MASK INPUT @FILES        CHIP       MASK
     45PPMERGE.INPUT.WEIGHT INPUT @FILES      CHIP       WEIGHT
    4146
    4247## files used to build and apply the flat-field correction images
    … …  
    114119PPIMAGE.JPEG2            OUTPUT {OUTPUT}.b2.jpg                  JPEG      NONE      FPA        TRUE      NONE
    115120
    116 PPMERGE.OUTPUT           OUTPUT {OUTPUT}.fits                    IMAGE     NONE      FPA        TRUE      MEF
     121PPMERGE.OUTPUT.MASK      OUTPUT {OUTPUT}.fits                    MASK      NONE      CHIP       TRUE      NONE
     122PPMERGE.OUTPUT.BIAS      OUTPUT {OUTPUT}.fits                    IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     123PPMERGE.OUTPUT.DARK      OUTPUT {OUTPUT}.fits                    DARK      NONE      CHIP       TRUE      NONE
     124PPMERGE.OUTPUT.SHUTTER   OUTPUT {OUTPUT}.fits                    IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     125PPMERGE.OUTPUT.FLAT      OUTPUT {OUTPUT}.fits                    IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     126PPMERGE.OUTPUT.FRINGE    OUTPUT {OUTPUT}.fits                    FRINGE    NONE      CHIP       TRUE      NONE
     127PPMERGE.OUTPUT.SIGMA     OUTPUT {OUTPUT}.sigma.fits              IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     128PPMERGE.OUTPUT.COUNT     OUTPUT {OUTPUT}.count.fits              IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
    117129
    118130DVOCORR.MEF.OUTPUT       OUTPUT {OUTPUT}.fc.fits                 IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      MEF

  • trunk/ippconfig/ctio_mosaic2/camera.config

    r16952 r17231  
    258258   PPIMAGE.SHUTTER    INPUT @DETDB        CHIP       IMAGE     
    259259
     260   ## Files used by ppMerge
     261   PPMERGE.INPUT      INPUT @FILES        CHIP       IMAGE
     262   PPMERGE.INPUT.MASK INPUT @FILES        CHIP       MASK
     263   PPMERGE.INPUT.WEIGHT INPUT @FILES      CHIP       WEIGHT
     264
    260265   ## files used to build and apply the flat-field correction images
    261266   DVOCORR.INPUT      INPUT @FILES        CHIP       IMAGE     
    … …  
    298303   PPSTAMP.INPUT      INPUT @FILES        CHIP       IMAGE
    299304
    300    PPARITH.INPUT.IMAGE INPUT @FILES        CHIP       IMAGE
    301    PPARITH.INPUT.MASK  INPUT @FILES        CHIP       MASK
     305   PPARITH.INPUT.IMAGE INPUT @FILES       CHIP       IMAGE
     306   PPARITH.INPUT.MASK  INPUT @FILES       CHIP       MASK
    302307
    303308   ### output file definitions
    … …  
    329334   PPIMAGE.JPEG2         OUTPUT {OUTPUT}.b2.jpg               JPEG      NONE      FPA        TRUE      NONE
    330335
    331    PPMERGE.OUTPUT        OUTPUT {OUTPUT}.fits                 IMAGE     NONE      FPA        TRUE      MEF
     336   PPMERGE.OUTPUT.MASK   OUTPUT {OUTPUT}.fits                 MASK      NONE      CHIP       TRUE      NONE
     337   PPMERGE.OUTPUT.BIAS   OUTPUT {OUTPUT}.fits                 IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     338   PPMERGE.OUTPUT.DARK   OUTPUT {OUTPUT}.fits                 DARK      NONE      CHIP       TRUE      NONE
     339   PPMERGE.OUTPUT.SHUTTER OUTPUT {OUTPUT}.fits                IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     340   PPMERGE.OUTPUT.FLAT   OUTPUT {OUTPUT}.fits                 IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     341   PPMERGE.OUTPUT.FRINGE OUTPUT {OUTPUT}.fits                 FRINGE    NONE      CHIP       TRUE      NONE
     342   PPMERGE.OUTPUT.SIGMA  OUTPUT {OUTPUT}.sigma.fits           IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     343   PPMERGE.OUTPUT.COUNT  OUTPUT {OUTPUT}.count.fits           IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
    332344
    333345   DVOCORR.MEF.OUTPUT    OUTPUT {OUTPUT}.fc.fits              IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      MEF
    … …  
    380392   PPSIM.OUTPUT          OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits     IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      SPLIT
    381393
    382    PPARITH.OUTPUT.IMAGE  OUTPUT {OUTPUT}.fits                 IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
    383    PPARITH.OUTPUT.MASK   OUTPUT {OUTPUT}.fits                 MASK      NONE      CHIP       TRUE      NONE
     394   PPARITH.OUTPUT.IMAGE  OUTPUT {OUTPUT}.fits                 IMAGE     COMP_POS  CHIP       TRUE      NONE
     395   PPARITH.OUTPUT.MASK   OUTPUT {OUTPUT}.fits                 MASK      COMP_MASK CHIP       TRUE      NONE
    384396
    385397   LOG.IMFILE            OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.log      TEXT      NONE      CHIP      TRUE       NONE

  • trunk/ippconfig/esowfi/filerules-mef.mdc

    r17067 r17231  
    1919PPIMAGE.FRINGE     INPUT @DETDB        CHIP        FRINGE
    2020PPIMAGE.SHUTTER    INPUT @DETDB        CHIP        IMAGE
     21
     22## Files used by ppMerge
     23PPMERGE.INPUT      INPUT @FILES        CHIP       IMAGE
     24PPMERGE.INPUT.MASK INPUT @FILES        CHIP       MASK
     25PPMERGE.INPUT.WEIGHT INPUT @FILES      CHIP       WEIGHT
    2126
    2227## files used to build and apply the flat field correction images
    … …  
    7681PPIMAGE.BIN2        OUTPUT   {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.b2.fits   IMAGE      CHIP       TRUE      SPLIT
    7782
    78 PPMERGE.OUTPUT      OUTPUT   {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits      IMAGE      FPA        TRUE      NONE
     83PPMERGE.OUTPUT.MASK   OUTPUT {OUTPUT}.fits                   MASK      CHIP       TRUE      NONE
     84PPMERGE.OUTPUT.BIAS   OUTPUT {OUTPUT}.fits                   IMAGE     CHIP       TRUE      NONE
     85PPMERGE.OUTPUT.DARK   OUTPUT {OUTPUT}.fits                   DARK      CHIP       TRUE      NONE
     86PPMERGE.OUTPUT.SHUTTER OUTPUT {OUTPUT}.fits                  IMAGE     CHIP       TRUE      NONE
     87PPMERGE.OUTPUT.FLAT   OUTPUT {OUTPUT}.fits                   IMAGE     CHIP       TRUE      NONE
     88PPMERGE.OUTPUT.FRINGE OUTPUT {OUTPUT}.fits                   FRINGE    CHIP       TRUE      NONE
     89PPMERGE.OUTPUT.SIGMA  OUTPUT {OUTPUT}.sigma.fits             IMAGE     CHIP       TRUE      NONE
     90PPMERGE.OUTPUT.COUNT  OUTPUT {OUTPUT}.count.fits             IMAGE     CHIP       TRUE      NONE
    7991
    8092DVOCORR.OUTPUT      OUTPUT   {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fc.fits   IMAGE      CHIP       TRUE      SPLIT

  • trunk/ippconfig/gpc1/filerules.mdc

    r17115 r17231  
    1616PPIMAGE.FLAT            INPUT    @DETDB                        CHIP       IMAGE
    1717PPIMAGE.MASK            INPUT    @DETDB                        CHIP       MASK
     18
     19## Files used by ppMerge
     20PPMERGE.INPUT           INPUT    @FILES                        CHIP       IMAGE
     21PPMERGE.INPUT.MASK      INPUT    @FILES                        CHIP       MASK
     22PPMERGE.INPUT.WEIGHT    INPUT    @FILES                        CHIP       WEIGHT
    1823
    1924## files used by psphot
    … …  
    7782PPIMAGE.STATS          OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.stats        STATS     NONE       CHIP      TRUE      NONE
    7883
    79 PPMERGE.OUTPUT         OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits         IMAGE     NONE       CHIP      TRUE      NONE
     84PPMERGE.OUTPUT.MASK    OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits         MASK      NONE       CHIP      TRUE      NONE
     85PPMERGE.OUTPUT.BIAS    OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits         IMAGE     NONE       CHIP      TRUE      NONE
     86PPMERGE.OUTPUT.DARK    OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits         DARK      NONE       CHIP      TRUE      NONE
     87PPMERGE.OUTPUT.SHUTTER OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits         IMAGE     NONE       CHIP      TRUE      NONE
     88PPMERGE.OUTPUT.FLAT    OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits         IMAGE     NONE       CHIP      TRUE      NONE
     89PPMERGE.OUTPUT.FRINGE  OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits         FRINGE    NONE       CHIP      TRUE      NONE
     90PPMERGE.OUTPUT.SIGMA   OUTPUT {OUTPUT}.sigma.fits               IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     91PPMERGE.OUTPUT.COUNT   OUTPUT {OUTPUT}.count.fits               IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
    8092
    8193DVOCORR.OUTPUT         OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fc.fits      IMAGE     NONE       CHIP      TRUE      NONE

  • trunk/ippconfig/isp/camera.config

    r16843 r17231  
    214214   PPIMAGE.SHUTTER    INPUT @DETDB        FPA        IMAGE     
    215215
     216   ## Files used by ppMerge
     217   PPMERGE.INPUT      INPUT @FILES        CHIP       IMAGE
     218   PPMERGE.INPUT.MASK INPUT @FILES        CHIP       MASK
     219   PPMERGE.INPUT.WEIGHT INPUT @FILES      CHIP       WEIGHT
     220
    216221   ## files used to build and apply the flat-field correction images
    217222   DVOCORR.INPUT      INPUT @FILES        FPA        IMAGE
    … …  
    259264   PPIMAGE.JPEG2         OUTPUT  {OUTPUT}.b2.jpg      JPEG      NONE      FPA        TRUE      NONE
    260265
    261    PPMERGE.OUTPUT        OUTPUT  {OUTPUT}.fits        IMAGE     NONE      FPA        TRUE      NONE
     266   PPMERGE.OUTPUT.MASK   OUTPUT {OUTPUT}.fits         MASK      NONE      CHIP       TRUE      NONE
     267   PPMERGE.OUTPUT.BIAS   OUTPUT {OUTPUT}.fits         IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     268   PPMERGE.OUTPUT.DARK   OUTPUT {OUTPUT}.fits         DARK      NONE      CHIP       TRUE      NONE
     269   PPMERGE.OUTPUT.SHUTTER OUTPUT {OUTPUT}.fits        IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     270   PPMERGE.OUTPUT.FLAT   OUTPUT {OUTPUT}.fits         IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     271   PPMERGE.OUTPUT.FRINGE OUTPUT {OUTPUT}.fits         FRINGE    NONE      CHIP       TRUE      NONE
     272   PPMERGE.OUTPUT.SIGMA  OUTPUT {OUTPUT}.sigma.fits   IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     273   PPMERGE.OUTPUT.COUNT  OUTPUT {OUTPUT}.count.fits   IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
    262274
    263275   DVOCORR.OUTPUT        OUTPUT  {OUTPUT}.fc.fits     IMAGE     NONE      FPA        TRUE      NONE

  • trunk/ippconfig/megacam/filerules-mef.mdc

    r17065 r17231  
    4040PPIMAGE.SHUTTER    INPUT @DETDB        CHIP       IMAGE     
    4141
     42## Files used by ppMerge
     43PPMERGE.INPUT      INPUT @FILES        CHIP       IMAGE
     44PPMERGE.INPUT.MASK INPUT @FILES        CHIP       MASK
     45PPMERGE.INPUT.WEIGHT INPUT @FILES      CHIP       WEIGHT
     46
    4247## files used to build and apply the flat-field correction images
    4348DVOCORR.INPUT      INPUT @FILES        CHIP       IMAGE
    … …  
    7883PPSTACK.INPUT.MASK INPUT @FILES        FPA        MASK
    7984PPSTACK.INPUT.WEIGHT INPUT @FILES      FPA        WEIGHT
     85PPSTACK.INPUT.PSF  INPUT @FILES        CHIP       PSF
    8086PPSTACK.SOURCES    INPUT @FILES        FPA        CMF
    8187
    … …  
    8793### output file definitions
    8894TYPE                  OUTPUT FILENAME.RULE                    FILE.TYPE FITS.TYPE DATA.LEVEL FILE.SAVE FILE.FORMAT
    89 PPIMAGE.OUTPUT.MEF    OUTPUT {OUTPUT}.b0.fits                 IMAGE     COMP_IMG  CHIP       TRUE      MEF
    90 PPIMAGE.OUT.MK.MEF    OUTPUT {OUTPUT}.mk.fits                 MASK      COMP_MASK CHIP       TRUE      MEF
    91 PPIMAGE.OUT.WT.MEF    OUTPUT {OUTPUT}.wt.fits                 WEIGHT    COMP_WT   CHIP       TRUE      MEF
     95PPIMAGE.OUTPUT.MEF    OUTPUT {OUTPUT}.b0.fits                 IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      MEF
     96PPIMAGE.OUT.MK.MEF    OUTPUT {OUTPUT}.mk.fits                 MASK      NONE      CHIP       TRUE      MEF
     97PPIMAGE.OUT.WT.MEF    OUTPUT {OUTPUT}.wt.fits                 WEIGHT    NONE      CHIP       TRUE      MEF
    9298PPIMAGE.OUTPUT.SPL    OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.b0.fits     IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      SPLIT
    9399PPIMAGE.OUT.MK.SPL    OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.mk.fits     MASK      NONE      CHIP       TRUE      SPLIT
    94100PPIMAGE.OUT.WT.SPL    OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.wt.fits     WEIGHT    NONE      CHIP       TRUE      SPLIT
     101PPIMAGE.OUTPUT.DETMASK OUTPUT {OUTPUT}.fits                   IMAGE     COMP_MASK CHIP      TRUE      MEF
    95102
    96 PPIMAGE.CHIP.MEF      OUTPUT {OUTPUT}.ch.fits                 IMAGE     COMP_IMG  CHIP       TRUE      MEF
    97 PPIMAGE.CHIP.MK.MEF   OUTPUT {OUTPUT}.ch.mk.fits              MASK      COMP_MASK CHIP       TRUE      MEF
    98 PPIMAGE.CHIP.WT.MEF   OUTPUT {OUTPUT}.ch.wt.fits              WEIGHT    COMP_WT   CHIP       TRUE      MEF
     103PPIMAGE.CHIP.MEF      OUTPUT {OUTPUT}.ch.fits                 IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      MEF
     104PPIMAGE.CHIP.MK.MEF   OUTPUT {OUTPUT}.ch.mk.fits              MASK      NONE      CHIP       TRUE      MEF
     105PPIMAGE.CHIP.WT.MEF   OUTPUT {OUTPUT}.ch.wt.fits              WEIGHT    NONE      CHIP       TRUE      MEF
    99106PPIMAGE.CHIP.SPL      OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.ch.fits     IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      SPLIT
    100107PPIMAGE.CHIP.MK.SPL   OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.ch.mk.fits  MASK      NONE      CHIP       TRUE      SPLIT
    101108PPIMAGE.CHIP.WT.SPL   OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.ch.wt.fits  WEIGHT    NONE      CHIP       TRUE      SPLIT
    102109
    103 PPIMAGE.OUTPUT.FPA1.MEF OUTPUT {OUTPUT}.b1.fits               IMAGE     COMP_IMG  FPA        TRUE      MEF
    104 PPIMAGE.OUTPUT.FPA2.MEF OUTPUT {OUTPUT}.b2.fits               IMAGE     COMP_IMG  FPA        TRUE      MEF
     110PPIMAGE.OUTPUT.FPA1.MEF OUTPUT {OUTPUT}.b1.fits               IMAGE     NONE      FPA        TRUE      MEF
     111PPIMAGE.OUTPUT.FPA2.MEF OUTPUT {OUTPUT}.b2.fits               IMAGE     NONE      FPA        TRUE      MEF
    105112PPIMAGE.OUTPUT.FPA1.SPL OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.b1.fits   IMAGE     NONE      FPA        TRUE      SPLIT
    106113PPIMAGE.OUTPUT.FPA2.SPL OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.b2.fits   IMAGE     NONE      FPA        TRUE      SPLIT
    … …  
    116123PPIMAGE.JPEG2         OUTPUT {OUTPUT}.b2.jpg                  JPEG      NONE      FPA        TRUE      NONE
    117124
    118 PPMERGE.OUTPUT        OUTPUT {OUTPUT}.fits                    IMAGE     NONE      FPA        TRUE      MEF
     125PPMERGE.OUTPUT.MASK   OUTPUT {OUTPUT}.fits                    MASK      NONE      CHIP       TRUE      NONE
     126PPMERGE.OUTPUT.BIAS   OUTPUT {OUTPUT}.fits                    IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     127PPMERGE.OUTPUT.DARK   OUTPUT {OUTPUT}.fits                    DARK      NONE      CHIP       TRUE      NONE
     128PPMERGE.OUTPUT.SHUTTER OUTPUT {OUTPUT}.fits                   IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     129PPMERGE.OUTPUT.FLAT   OUTPUT {OUTPUT}.fits                    IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     130PPMERGE.OUTPUT.FRINGE OUTPUT {OUTPUT}.fits                    FRINGE    NONE      CHIP       TRUE      NONE
     131PPMERGE.OUTPUT.SIGMA  OUTPUT {OUTPUT}.sigma.fits              IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     132PPMERGE.OUTPUT.COUNT  OUTPUT {OUTPUT}.count.fits              IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
    119133
    120134DVOCORR.MEF.OUTPUT    OUTPUT {OUTPUT}.fc.fits                 IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      MEF
    … …  
    147161PSASTRO.OUT.REFSTARS  OUTPUT {OUTPUT}.aref.fits        ASTROM.REFSTARS  NONE      FPA        TRUE      NONE
    148162
    149 PSWARP.OUTPUT         OUTPUT {OUTPUT}.fits                    IMAGE     COMP_IMG  FPA        TRUE      NONE
    150 PSWARP.OUTPUT.MASK    OUTPUT {OUTPUT}.mk.fits                 MASK      COMP_MASK FPA        TRUE      NONE
    151 PSWARP.OUTPUT.WEIGHT  OUTPUT {OUTPUT}.wt.fits                 WEIGHT    COMP_WT   FPA        TRUE      NONE
    152 PSWARP.OUTPUT.SOURCES OUTPUT {OUTPUT}.cmf                     CMF       NONE      FPA        TRUE      NONE
    153 PSWARP.BIN1           OUTPUT {OUTPUT}.b1.fits                 IMAGE     COMP_IMG  FPA        TRUE      NONE
    154 PSWARP.BIN2           OUTPUT {OUTPUT}.b2.fits                 IMAGE     COMP_IMG  FPA        TRUE      NONE
     163PSWARP.OUTPUT         OUTPUT {OUTPUT}.fits                    IMAGE     NONE     FPA        TRUE      NONE
     164PSWARP.OUTPUT.MASK    OUTPUT {OUTPUT}.mk.fits                 MASK      NONE    FPA        TRUE      NONE
     165PSWARP.OUTPUT.WEIGHT  OUTPUT {OUTPUT}.wt.fits                 WEIGHT    NONE     FPA        TRUE      NONE
     166PSWARP.OUTPUT.SOURCES OUTPUT {OUTPUT}.cmf                     CMF       NONE     FPA        TRUE      NONE
     167PSWARP.BIN1           OUTPUT {OUTPUT}.b1.fits                 IMAGE     NONE     FPA        TRUE      NONE
     168PSWARP.BIN2           OUTPUT {OUTPUT}.b2.fits                 IMAGE     NONE     FPA        TRUE      NONE
    155169
    156170SKYCELL.STATS         OUTPUT {OUTPUT}.stats                   STATS     NONE      FPA        TRUE      NONE
    157171SKYCELL.TEMPLATE      OUTPUT {OUTPUT}.skycell                 SKYCELL   NONE      FPA        TRUE      NONE
    158172
    159 PPSUB.OUTPUT          OUTPUT {OUTPUT}.fits                    IMAGE     COMP_IMG  FPA        TRUE      NONE
    160 PPSUB.OUTPUT.MASK     OUTPUT {OUTPUT}.mk.fits                 MASK      COMP_MASK FPA        TRUE      NONE
    161 PPSUB.OUTPUT.WEIGHT   OUTPUT {OUTPUT}.wt.fits                 WEIGHT    COMP_WT   FPA        TRUE      NONE
     173PPSUB.OUTPUT          OUTPUT {OUTPUT}.fits                    IMAGE     NONE      FPA        TRUE      NONE
     174PPSUB.OUTPUT.MASK     OUTPUT {OUTPUT}.mk.fits                 MASK      NONE      FPA        TRUE      NONE
     175PPSUB.OUTPUT.WEIGHT   OUTPUT {OUTPUT}.wt.fits                 WEIGHT    NONE      FPA        TRUE      NONE
    162176
    163 PPSTACK.OUTPUT        OUTPUT {OUTPUT}.fits                    IMAGE     COMP_IMG  FPA        TRUE      NONE
    164 PPSTACK.OUTPUT.MASK   OUTPUT {OUTPUT}.mk.fits                 MASK      COMP_MASK FPA        TRUE      NONE
    165 PPSTACK.OUTPUT.WEIGHT OUTPUT {OUTPUT}.wt.fits                 WEIGHT    COMP_WT   FPA        TRUE      NONE
     177PPSTACK.OUTPUT        OUTPUT {OUTPUT}.fits                    IMAGE     NONE      FPA        TRUE      NONE
     178PPSTACK.OUTPUT.MASK   OUTPUT {OUTPUT}.mk.fits                 MASK      NONE      FPA        TRUE      NONE
     179PPSTACK.OUTPUT.WEIGHT OUTPUT {OUTPUT}.wt.fits                 WEIGHT    NONE      FPA        TRUE      NONE
    166180
    167181PPSTAMP.OUTPUT        OUTPUT {OUTPUT}.fits                    IMAGE     NONE      FPA        TRUE      NONE

  • trunk/ippconfig/megacam/ppMerge.config

    r17135 r17231  
    2828        FRACLOW         F32     0.1             # Fraction of low pixels to reject immediately
    2929        NKEEP           S32     5               # Minimum number of pixels in stack to keep
    30         WEIGHTS         BOOL    TRUE            # Use image weights?
     30        WEIGHTS         BOOL    FALSE           # Use image weights?
    3131        COMBINE         STR     MEAN            # Statistic to use for combination:
    3232END
    … …  
    3636PPMERGE_FRINGE  METADATA
    3737        FRACHIGH        F32     0.1             # Fraction of high pixels to reject immediately
    38         WEIGHTS         BOOL    TRUE            # Use image weights?
     38        WEIGHTS         BOOL    FALSE           # Use image weights?
    3939END
    4040

  • trunk/ippconfig/recipes/ppMerge.config

    r16953 r17231  
    11# Recipe configuration for ppMerge
    2  
     2
    33ROWS            S32     128             # Number of rows to read at once
    44ELECTRONS       F32     100.0           # Minimum number of electrons for useful signal
    5 SAMPLE          S32     100             # Sampling factor for measuring the background
     5SAMPLE          S32     100000          # Sampling factor for measuring the background
    66REJ             F32     3.0             # Rejection threshold (sigma)
    77ITER            S32     0               # Number of rejection iterations
    … …  
    1515FRINGE.YSMOOTH  S32     11              # Number of smoothing regions in y
    1616SHUTTER.SIZE    S32     128             # Size for shutter measurement regions
    17 SHUTTER.ITER    S32     1               # Number of iterations for shutter measurement
    18 SHUTTER.REJECT  F32     2               # Rejection limit for shutter measurement
    1917MASK.SUSPECT    F32     5.0             # Threshold for suspect pixels (sigma)
    20 MASK.BAD        F32     4.0             # Threshold for bad pixels (sigma)
    21 MASK.MODE       STR     POISSON         # Threshold for bad pixels (sigma)
    22 STATS.BY.CHIP   BOOL    TRUE            # measure stats for masking by chip (or by readout)
    23 MASK.GROW.NPIX  S32     3               # measure stats for masking by chip (or by readout)
     18MASK.BAD        F32     0.2             # Threshold for bad pixels
     19MASK.MODE       STR     FRACTION        # Mode for identifying bad pixels in the suspect map
     20MASK.CHIPSTATS  BOOL    TRUE            # Measure stats for masking by chip (otherwise by readout)?
     21MASK.GROW       S32     0               # Grow bad pixels by this radius
     22MASK.GROWVAL    STR     SUSPECT         # Give grown mask pixels this value
    2423MASKVAL         STR     SAT,BAD         # Mask value for input data
    2524COMBINE         STR     CLIPPED         # Statistic to use for combination
    2625MEAN            STR     ROBUST_MEDIAN   # Statistic to use to measure the mean
    2726STDEV           STR     ROBUST_STDEV    # Statistic to use to measure the stdev
     27
     28STATS.BY.CHIP   BOOL    TRUE            # measure stats for masking by chip (or by readout)
     29MASK.GROW.NPIX  S32     3               # measure stats for masking by chip (or by readout)
    2830
    2931# Ordinates for fitting dark current
    … …  
    4749# More aggressive clipping than bias, so as to remove CRs
    4850PPMERGE_DARK    METADATA
    49         REJ             F32     2.0             # Rejection threshold (sigma)
    50         ITER            S32     4               # Number of rejection iterations
     51        REJ             F32     3.0             # Rejection threshold (sigma)
     52        ITER            S32     2               # Number of rejection iterations
    5153        FRACHIGH        F32     0.0             # Fraction of high pixels to reject immediately
    5254        FRACLOW         F32     0.0             # Fraction of low pixels to reject immediately
    53         WEIGHTS         BOOL    FALSE           # Use image weights?
     55        WEIGHTS         BOOL    TRUE            # Use image weights?
    5456        COMBINE         STR     CLIPPED         # Statistic to use for combination:
    5557END
    … …  
    7577# Mask generation --- already included in default, above
    7678PPMERGE_DARKMASK METADATA
    77   MASK.BAD       F32    3.0             # Threshold for bad pixels (sigma)
    78   MASK.MODE      STR    VALUE           # Threshold for bad pixels (sigma)
     79        ITER            S32     2               # Number of iterations
     80        MASK.BAD        F32     0.2             # Threshold for bad pixels (sigma)
     81        MASK.MODE       STR     FRACTION        # Mode for identifying bad pixels in the suspect map
    7982END
    8083
    8184# Mask generation --- already included in default, above
    8285PPMERGE_FLATMASK METADATA
    83   MASK.BAD       F32    3.0             # Threshold for bad pixels (sigma)
    84   MASK.MODE      STR    VALUE           # Threshold for bad pixels (sigma)
     86        ITER            S32     2               # Number of iterations
     87        MASK.BAD        F32     0.2             # Threshold for bad pixels (sigma)
     88        MASK.MODE       STR     FRACTION        # Mode for identifying bad pixels in the suspect map
    8589END
    8690
    8791# Shutter generation --- already included in default, above
    8892PPMERGE_SHUTTER METADATA
     93        REJ             F32     2.0             # Rejection threshold (sigma)
     94        ITER            S32     1               # Number of rejection iterations
    8995END

  • trunk/ippconfig/simmosaic/camera.config

    r17094 r17231  
    236236   PPIMAGE.SHUTTER    INPUT @DETDB        CELL       IMAGE     
    237237
     238   ## Files used by ppMerge
     239   PPMERGE.INPUT      INPUT @FILES        CHIP       IMAGE
     240   PPMERGE.INPUT.MASK INPUT @FILES        CHIP       MASK
     241   PPMERGE.INPUT.WEIGHT INPUT @FILES      CHIP       WEIGHT
     242
    238243   ## files used to build and apply the flat-field correction images
    239244   DVOCORR.INPUT      INPUT @FILES        CHIP       IMAGE     
    … …  
    294299   PPIMAGE.BIN2        OUTPUT   {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.b2.fits   IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      SPLIT
    295300
    296    PPMERGE.OUTPUT      OUTPUT   {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits      IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     301   PPMERGE.OUTPUT.MASK   OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits      MASK      NONE      CHIP       TRUE      SPLIT
     302   PPMERGE.OUTPUT.BIAS   OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits      IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      SPLIT
     303   PPMERGE.OUTPUT.DARK   OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits      DARK      NONE      CHIP       TRUE      SPLIT
     304   PPMERGE.OUTPUT.SHUTTER OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits     IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      SPLIT
     305   PPMERGE.OUTPUT.FLAT   OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits      IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      SPLIT
     306   PPMERGE.OUTPUT.FRINGE OUTPUT {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fits      FRINGE    NONE      CHIP       TRUE      SPLIT
     307   PPMERGE.OUTPUT.SIGMA  OUTPUT {OUTPUT}.sigma.fits            IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     308   PPMERGE.OUTPUT.COUNT  OUTPUT {OUTPUT}.count.fits            IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
    297309
    298310   DVOCORR.OUTPUT      OUTPUT   {OUTPUT}.{CHIP.NAME}.fc.fits   IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE

  • trunk/ippconfig/simtest/filerules.mdc

    r16843 r17231  
    1919PPIMAGE.FLAT       INPUT    @DETDB                        CHIP       IMAGE     
    2020PPIMAGE.MASK       INPUT    @DETDB                        CHIP       IMAGE     
     21
     22## Files used by ppMerge
     23PPMERGE.INPUT      INPUT    @FILES                        CHIP       IMAGE
     24PPMERGE.INPUT.MASK INPUT    @FILES                        CHIP       MASK
     25PPMERGE.INPUT.WEIGHT INPUT  @FILES                        CHIP       WEIGHT
    2126
    2227## files used by psphot
    … …  
    5459TYPE                OUTPUT   FILENAME.RULE           FILE.TYPE FITS.TYPE DATA.LEVEL FILE.SAVE FILE.FORMAT
    5560PPIMAGE.OUTPUT      OUTPUT   {OUTPUT}.fits           IMAGE     NONE      FPA        TRUE      NONE
     61PPIMAGE.OUTPUT.DETMASK OUTPUT {OUTPUT}.fits          IMAGE     NONE      FPA        TRUE      NONE
    5662PPIMAGE.OUTPUT.MASK OUTPUT   {OUTPUT}.mask.fits      MASK      NONE      FPA        TRUE      NONE
    5763PPIMAGE.OUTPUT.WEIGHT OUTPUT {OUTPUT}.wt.fits        WEIGHT    NONE      FPA        TRUE      NONE
    … …  
    6874PPIMAGE.BIN2        OUTPUT   {OUTPUT}.b2.fits        IMAGE     NONE      FPA        TRUE      NONE
    6975
    70 PPMERGE.OUTPUT      OUTPUT   {OUTPUT}.fits           IMAGE     NONE      FPA        TRUE      NONE
     76PPMERGE.OUTPUT.MASK   OUTPUT {OUTPUT}.fits           MASK      NONE      CHIP       TRUE      NONE
     77PPMERGE.OUTPUT.BIAS   OUTPUT {OUTPUT}.fits           IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     78PPMERGE.OUTPUT.DARK   OUTPUT {OUTPUT}.fits           DARK      NONE      CHIP       TRUE      NONE
     79PPMERGE.OUTPUT.SHUTTER OUTPUT {OUTPUT}.fits          IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     80PPMERGE.OUTPUT.FLAT   OUTPUT {OUTPUT}.fits           IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     81PPMERGE.OUTPUT.FRINGE OUTPUT {OUTPUT}.fits           FRINGE    NONE      CHIP       TRUE      NONE
     82PPMERGE.OUTPUT.SIGMA  OUTPUT {OUTPUT}.sigma.fits     IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
     83PPMERGE.OUTPUT.COUNT  OUTPUT {OUTPUT}.count.fits     IMAGE     NONE      CHIP       TRUE      NONE
    7184
    7285DVOCORR.OUTPUT      OUTPUT   {OUTPUT}.fc.fits        IMAGE     NONE      FPA        TRUE      NONE
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.